1441 zog sich Hans Frankfurter, der von 1436 bis 1440 in der Haller Saline Verwalter im Salzmairamt war, in das Halltal zurück um ein Einsiedlerleben zu führen. Als Salzmaier oblagen ihm zuvor im Salzbergwerk und in der Saline die Verwaltung und die niedere Gerichtsbarkeit über die Beschäftigten. Damit gehörte Frankfurter zu den angesehensten Beamten Tirols. Bald schloss sich ihm ein gewisser Heinrich an und es entstand neben der Klause eine erste Kapelle, die unter anderem dem heiligen Rupert, Johannes dem Täufer, Maria Magdalena, Barbara und dem Apostel Matthäus geweiht war. Herzog Siegmund von Österreich stand der Gründung sehr positiv gegenüber und veranlasste 1447, dass jede Woche dort eine Messe gelesen wurde.

Im Halltal wurden als Ersatz für die verwaiste Klause zwei Waldschwestern aus einem Verband des Klosters Kürrenberg im heutigen Baden geholt. Die Schwesterngemeinschaft erhielt ebenfalls von Nikolaus von Kues im Jahr 1452 eigene Statuten, die sich stark an die Regel des heiligen Augustinus anlehnten. Trotz der Lage auf der Schattenseite eines unwirtlichen Tales entwickelte sich die Schwesterngemeinschaft recht gut. So veranlasste Herzog Siegmund, dass die Schwesterngemeinschaft einen eigenen Kaplan erhielt. 1494 wohnten 24 Schwestern in dem Kloster. 1490 wurde der Kirchweihtag der 1486 vollendeten Kirche durch den Brixner Fürstbischof Kardinal Melchior von Meckau vom Sonntag nach dem Maria-Himmelfahrts-Tag auf den Tag der Maria Magdalena verlegt. Die könnte auch den Anlass zur nunmehrigen Benennung Sankt Magdalena gegeben haben.